Codice Mercury streaming non più disponibile da marzo 2023

Durante una rapina in banca con ostaggi, l'agente dell'FBI sotto copertura Art Jeffries tenta senza successo di negoziare per ottenere più tempo. L'FBI irrompe nella banca uccidendo i rapinatori e, in seguito, Art colpisce l'agente burocratico in carica, causando la sua retrocessione a un lavoro d'ufficio.

Un bambino autistico di nove anni, Simon Lynch, riceve dal suo insegnante un sofisticato libro di puzzle. Simon risolve rapidamente un particolare rompicapo e telefona a un numero codificato nella soluzione. La chiamata raggiunge due crittografi della National Security Agency, Dean Crandell e Leo Pedranski, che hanno creato il nuovo cifrario che Simon ha decifrato. Pedranski e Crandell riferiscono la situazione al loro capo, il tenente colonnello Nick Kudrow. Questi li rimprovera severamente per le loro azioni non autorizzate, descrivendo Simon e le sue abilità come una minaccia per la sicurezza nazionale. Due assassini, Peter Burrell e Shayes, vengono inviati da Kudrow per eliminare il ragazzo e i suoi genitori, Martin e Jenny.

Fingendosi un detective della polizia, Burrell entra in casa Lynch e uccide sia la madre che il padre di Simon con una pistola silenziata. Perquisendo la casa, non riesce a trovare Simon e sente l'operatore del 911 che cerca di parlare con Martin, il quale è riuscito a chiamare il 911 prima di morire. Burrell inscena un omicidio-suicidio e viene allontanato dalla casa da Shayes.

Art viene inviato a indagare e trova Simon in un'intercapedine nascosta nell'armadio della sua camera da letto. Simon viene portato nel reparto di protezione dell'ospedale. Un'infermiera spiega ad Art che l'autismo non significa che "non passa niente", ma che "passa tutto", quindi può spaventarsi o confondersi, soprattutto per le emozioni degli altri, e probabilmente non può essere interrogato. Burrell si finge un medico e attenta nuovamente alla vita di Simon. L'arrivo tempestivo di Art salva Simon, che vede la facciata di Burrell e fugge dal locale con Simon. Più tardi, mentre è in treno, Simon mostra ad Art i suoi biglietti del Picture Exchange Communication System con le foto della sua famiglia. Art, comprendendo, ne aggiunge una con scritto "Art è un amico". Il socio di Burrell, Shayes, cerca di uccidere Simon, ma Art interviene. Lotta con l'assassino e alla fine riesce a buttarlo giù dal treno e a farlo cadere sui binari poco prima che passi un'altra locomotiva che travolge Shayes e lo uccide all'istante.

L'NSA, sotto la direzione di Kudrow, incastra Art come rapitore di Simon. Tuttavia, il collega e amico Tommy Jordan non crede alla storia. Art prende in prestito l'auto di Jordan e riporta Simon a casa sua. Simon chiama nuovamente il numero di telefono scritto nel codice e Art riesce a parlare con Crandell e Pedranski. Crandell organizza un incontro al Wrigley Building per la mattina successiva. Art si reca all'incontro, lasciando Simon sotto le cure di una donna in un caffè, Stacey Siebring. Art e Crendell si incontrano e Crandell racconta ad Art di Mercury e Kudrow, ma viene ucciso da Burrell prima che possa rivelare tutto.

Art torna alla caffetteria e scopre che Stacey e Simon hanno stretto un'amicizia. I ragazzi se ne vanno, ma sfuggono per un pelo a un'altra aggressione prima di incontrarsi con Jordan, ormai convinta dopo aver saputo dell'incidente. Più tardi, Art e Simon si recano a casa di Siebring e le chiedono se possono restare lì. Lei accetta con riluttanza.

Nel frattempo, anche Pedranski, dopo aver appreso la sorte di Crandell, cerca di rivelare le azioni illegali di Kudrow scrivendo delle lettere con una macchina da scrivere: una ad Art e una copia carbone per la Commissione di Supervisione del Senato, ma Burrell rintraccia Pedranski e uccide anche lui, confiscando le lettere. Tuttavia, l'assassino trascura le copie carbone di Pedranski, che la sua ragazza, l'analista dell'NSA Emily Lang, porta all'FBI. Jordan le organizza discretamente un incontro con Art per mostrargli le copie carbone; coperte dalle impronte digitali di Pedranski, diventano una prova cruciale. Art si reca quindi a casa di Kudrow durante la sua festa di compleanno e chiede a Kudrow di annunciare alla TV nazionale che il progetto Mercury Encryption è un fallimento.

Jordan, su suggerimento di Art, fa in modo che Simon entri nel Programma di Protezione Testimoni. Dopo l'incontro, gli amici discutono al telefono della Protezione Testimoni, senza sapere che la loro conversazione è monitorata da Kudrow. Stacey e Simon lasciano la casa di lei per recarsi al punto di raccolta, mentre Jordan si dirige verso l'ufficio del direttore dell'FBI. Lì, Kudrow dissuade Lomax, l'agente speciale dell'FBI in carica, rivelando che Jordan ha falsificato i documenti della protezione testimoni.

Dopo che Kudrow se n'è andato con lui in carica per la Protezione Testimoni, Tommy mostra la prova su carta carbone a Lomax e conferma che le impronte digitali su di essa sono di Pedranski, convalidando pienamente le prove contro Kudrow. Art, con l'aiuto di Jordan e di una task force dell'FBI, organizza una trappola nel luogo dell'incontro. Armato di un fucile M16, Burrell spara alla squadra dell'FBI che arriva per arrestare Kudrow, dando vita a una sparatoria con Jordan che protegge Stacey. Simon recupera la pistola di Art e la battaglia si conclude con Burrell che viene colpito a morte da frammenti di vetro e Kudrow che viene colpito da Art e cade a terra.

In seguito, Art e Siebring fanno visita a Simon (che ora vive con i genitori adottivi) nella sua scuola. Simon accoglie l'agente dell'FBI come un gradito amico, avendolo finalmente accettato come una persona di cui fidarsi.