Una simpatica studentessa di medicina inizia un corso estivo all'Università di Heidelberg. David è sul suo tavolo di dissezione, lo aveva incontrato il giorno prima sul treno. C'è qualcosa che non va...
Un sequel, Anatomy 2 (Anatomie 2), è stato pubblicato nel 2003.
La studentessa di medicina Paula Henning vince un corso estivo all'Università di Heidelberg, dove suo nonno era stato un rinomato professore. Durante una delle lezioni di anatomia, il corpo di David, un giovane uomo che Paula ha incontrato sul treno per Heidelberg, viene ritrovato sul suo tavolo di dissezione. L'istruttore di Paula, il professor Grombek, la umilia sfidandola a sezionare il cuore. Paula scopre che il corpo di David presenta strane incisioni e decide di indagare sulle misteriose circostanze della sua morte. Mentre procede a tagliare un campione per un test indipendente, è incuriosita dal fatto di trovare un segno a tripla "A" vicino alla caviglia di David. Viene poi spaventata dall'addetto alle pompe funebri della scuola, che vuole sapere se il professor Grombek è al corrente delle sue azioni.
Paula trova indizi che portano a un'antica società segreta, la Società Anti-Ippocratica, che esegue esperimenti raccapriccianti su persone viventi che ritiene indesiderabili. Paula si imbatte anche in ricerche sui rituali che vengono eseguiti sui trasgressori delle loro regole o su coloro che si informano troppo. Una notte, Paula si siede sul suo letto e si accorge che è stato intriso di sangue, con candele accese sotto di esso, come segno di avvertimento da parte della Società. Attacca quindi una figura che entra nella sua stanza, ma si rivela essere il suo amico Hein, che cerca consolazione per la recente rottura con la sua ragazza Gretchen, che nel frattempo ha iniziato a frequentare Phil, un altro studente. Mentre parlano, Casper, l'interesse romantico di Paula, si ferma e, sconvolto dal fatto che lei non sia sola, se ne va. Hein se ne va, apparentemente più sereno.
Mentre Gretchen e Phil si preparano a fare sesso in una delle sale dell'obitorio, Hein uccide Phil in preda alla gelosia. Poi inietta del veleno a Gretchen, dicendole che avrebbe conservato il suo corpo. È talmente preso dal lavoro che si addormenta senza essersi liberato del corpo di Phil. Hein lo nasconde nell'obitorio e rimuove la testa per evitare l'identificazione. Quando Paula cerca di condividere con Hein le sue scoperte sulla Società il giorno dopo, lui le dice minacciosamente che è pericoloso sapere troppo. Grombek le rivela che suo nonno era un membro e che il farmaco che divenne famoso per aver sviluppato era il risultato dei suoi esperimenti nei campi di concentramento nazisti. La donna fugge in ospedale per affrontare il nonno, ma le viene detto che è morto.
All'assemblea della Società, Hein non esprime alcun rimorso per gli omicidi e accetta con sfida la loro punizione, tagliandosi tre volte in faccia. Grombek si assume la responsabilità degli omicidi e se ne va per chiamare le autorità e arrestare Hein. Più tardi, mentre Paula distrugge i diplomi concessi a suo nonno, un Hein impazzito uccide Grombek nella sua casa. Paula torna a scuola ma viene intrappolata da Hein e dal suo complice, Ludwig. Mentre la preparano per la conservazione, i suoi legami vengono parzialmente tagliati da Casper. Paula si libera, avvelena Ludwig e scappa finché Hein non colpisce un cavo dell'alta tensione e muore. Casper e Paula fuggono insieme.
A metà dei titoli di coda, una sequenza mostra due compagni di classe di Paula che lodano le abilità di Hein nella dissezione e nella conservazione, discutendo dell'imminente sostituzione di Grombek e di come, nei rispettivi studi, manterranno un basso profilo mentre sperimentano per la Società Anti-Ippocratica.