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Nel gennaio 2009, Jerry Shaw, che ha abbandonato l'Università di Stanford, viene a sapere che il suo gemello identico Ethan, ufficiale dell'Aeronautica Militare degli Stati Uniti, è stato ucciso. Dopo il funerale, Jerry è sorpreso di trovare 750.000 dollari nel suo conto in banca e il suo appartamento pieno di armi da fuoco illegali e materiale per costruire bombe. Riceve una telefonata da una donna che lo avverte che l'FBI sta per arrestarlo e che deve scappare. Jerry viene catturato dall'FBI e interrogato dall'agente supervisore Tom Morgan.

Mentre Morgan confida con l'agente speciale dell'OSI dell'Air Force Zoe Pérez, la donna al telefono organizza la fuga di Jerry e lo indirizza a Rachel Holloman, una madre single. La donna al telefono costringe Rachel a minacciare il figlio Sam, che si trova a bordo del Capitol Limited in viaggio verso il Kennedy Center di Washington D.C. con la sua banda scolastica. La donna al telefono aiuta i due a evitare le forze dell'ordine controllando dispositivi in rete, tra cui semafori, telefoni cellulari, gru automatiche e persino linee elettriche.

Nel frattempo, il chiamante reindirizza un cristallo esplosivo a un tagliatore di gemme, che lo taglia e lo fissa in una collana. Un altro uomo ruba la tromba di Sam a Chicago e inserisce l'innesco sonico del cristallo nel tubo prima di inoltrarlo a Sam a Washington.

L'agente Perez viene convocato dal Segretario della Difesa George Callister per essere informato sul lavoro di Ethan al Pentagono. Ethan monitorava il supercomputer top-secret del Dipartimento della Difesa per la raccolta di informazioni, l'Autonomous Reconnaissance Intelligence Integration Analyst (ARIIA; /ɑːriːə/). Callister lascia Perez con il Maggiore William Bowman e l'ARIIA per indagare sulla morte di Ethan Shaw. Contemporaneamente, Rachel e Jerry scoprono che la donna al telefono è in realtà l'ARIIA e che li ha "attivati" in base all'autorizzazione della Costituzione a reclutare civili per la difesa nazionale.

Perez e Bowman trovano le prove che Ethan Shaw si è nascosto nella camera di ARIIA e se ne vanno per aggiornare Callister. In seguito, ARIIA fa entrare Jerry e Rachel nel suo teatro di osservazione sotto il Pentagono. Entrambi i gruppi apprendono che, dopo che le raccomandazioni dell'ARIIA sono state ignorate e che un'operazione sbagliata in Balochistan ha causato la morte di cittadini statunitensi, l'ARIIA ha concluso che "per evitare altri spargimenti di sangue, il ramo esecutivo deve essere rimosso". L'ARIIA agisce per conto di "Noi il Popolo" e cita la Dichiarazione di Indipendenza ("ogni volta che una qualsiasi forma di governo diventa distruttiva di questi fini, è diritto del popolo modificarla o abolirla").

In ritardo, Jerry scopre di essere stato portato a eludere i blocchi biometrici posti dal suo gemello che impediscono all'ARIIA di attivare l'Operazione Ghigliottina, una simulazione militare per mantenere il governo dopo la perdita di tutti i successori presidenziali. Poiché il Segretario Callister era d'accordo con la raccomandazione di aborto dell'ARIIA riguardo al Balochistan, sarà lui il sopravvissuto designato e il nuovo presidente dopo la detonazione del cristallo durante lo State of the Union (SOTU).

Un altro agente dell'ARIIA estrae Rachel dal Pentagono e le dà un vestito e una collana esplosiva da indossare al SOTU. Anche la banda scolastica di Sam è stata reindirizzata al Campidoglio degli Stati Uniti per suonare per il Presidente, facendo incontrare l'innesco della tromba di Sam e l'esplosivo. Jerry viene catturato dall'agente Morgan, che si è convinto dell'innocenza di Jerry. Prima di sacrificarsi per fermare un MQ-9 Reaper armato inviato dall'ARIIA, Morgan dà a Jerry la sua arma e il documento d'identità con cui entrare in Campidoglio. Arrivato nell'Aula della Camera, Jerry spara con la pistola in aria per disturbare il concerto prima di essere ferito dai servizi segreti.

Qualche tempo dopo, nell'aprile 2009, Callister riferisce che l'ARIIA è stata disattivata e raccomanda di non costruirne un'altra; le gemelle Shaw e gli agenti Perez e Morgan ricevono dei premi per le loro azioni; Jerry partecipa alla festa di compleanno di Sam, guadagnandosi la gratitudine di Rachel e un bacio.