Code Lyoko streaming non più disponibile da ottobre 2023

Jeremy Belpois, un bambino prodigio che frequenta il collegio della Kadic Academy, scopre un supercomputer quantistico in una fabbrica abbandonata vicino alla sua scuola. Attivandolo, scopre un mondo virtuale chiamato Lyoko con una ragazza artificialmente intelligente di nome Aelita intrappolata al suo interno. Jeremy viene a conoscenza di X.A.N.A., un sistema multi-agente completamente autonomo, malevolo e altamente intelligente, che risiede anch'esso all'interno del supercomputer. Utilizzando i poteri di Lyoko, X.A.N.A. può impossessarsi dell'elettronica e degli oggetti nel mondo reale come un virus per seminare il caos. L'obiettivo principale di X.A.N.A. è eliminare chiunque sia a conoscenza dell'esistenza del Supercomputer, in modo che sia libero di conquistare il mondo reale e distruggere l'intera umanità.

Jeremy lavora instancabilmente per materializzare Aelita nel mondo reale e fermare gli attacchi causati da X.A.N.A. Jeremy è aiutato dai suoi tre amici Odd Della Robbia, Ulrich Stern e Yumi Ishiyama, che sono virtualizzati in Lyoko per salvare entrambi i mondi dalla sinistra entità virtuale. Per farlo, scortano Aelita in varie Torri di Lyoko, che fungono da terminali di interfaccia tra Lyoko e la Terra. Una volta disattivata la Torre, Jeremy può lanciare il programma "Ritorno al passato", che manda il mondo indietro nel tempo per annullare i danni causati da X.A.N.A., mentre tutti coloro che vengono scannerizzati nel Supercomputer mantengono la memoria degli eventi. In "Codice: Terra", Aelita viene finalmente materializzata, ma il gruppo scopre che X.A.N.A. ha impiantato un virus al suo interno che la ucciderà se il Supercomputer viene disattivato. Si rendono conto che non possono distruggere X.A.N.A., altrimenti Aelita sarà distrutta insieme a lui.

Nella seconda stagione, Aelita si adatta alla vita nel mondo reale, mentre Jeremy cerca di sviluppare un programma antivirus per liberarla dal potere di X.A.N.A.. Su Lyoko, viene scoperto un quinto settore e il gruppo esplora altri segreti e misteri di Lyoko. Il gruppo inizia a scoprire informazioni su un uomo misterioso di nome Franz Hopper, scomparso dieci anni fa. Si presume che abbia creato il Supercomputer, Lyoko e X.A.N.A. e alla fine si scopre che è il padre di Aelita. Alla fine scoprono che Franz Hopper è vivo da qualche parte e si nasconde nelle zone inesplorate di Lyoko per evitare X.A.N.A.. Nel frattempo, X.A.N.A. tenta di rubare la memoria di Aelita per ottenere le chiavi di Lyoko e fuggire in Internet. Alla fine della stagione, il gruppo scopre che Aelita è in realtà umana e non ha un virus, ma che le manca un frammento di sé. In "La chiave", X.A.N.A. li inganna con un falso e riesce a rubare la memoria di Aelita e a fuggire dal Supercomputer. Aelita sembra morire, ma si rianima quando Franz Hopper la ripristina completamente, insieme al frammento mancante: i ricordi della sua vita sulla Terra prima di essere virtualizzata su Lyoko.

La terza stagione mostra che, dopo essere riuscito a fuggire dai confini del supercomputer, X.A.N.A. prende di mira il mondo virtuale stesso distruggendo ogni settore di superficie di Lyoko, fino a quando non rimane solo il Settore Cinque. Inizialmente riluttanti, i Guerrieri di Lyoko decidono di invitare William Dunbar come sesto membro. Tuttavia, poco dopo essere stato virtualizzato, viene posseduto da X.A.N.A.. Poco dopo, distrugge il nucleo di Lyoko, distruggendo l'intero mondo virtuale e rendendo il gruppo incapace di combattere X.A.N.A., mettendo in pericolo l'intero mondo reale. Dopo quella che pensavano fosse una sconfitta, Jeremy riceve un messaggio in codice da Franz Hopper che gli permette di ricreare Lyoko e di continuare la lotta contro X.A.N.A.

Nella Stagione 4, Jeremy e Aelita costruiscono un sottomarino digitale, lo Skidbladnir, per viaggiare attraverso il Mare Digitale e distruggere i "Replikas" di X.A.N.A., copie dei settori di Lyoko collegate ai supercomputer controllati da X.A.N.A. sulla Terra, tutti creati per il suo obiettivo di dominare il mondo. X.A.N.A. utilizza William come suo generale per tutta la stagione per difendere i Replikas e colpire i Guerrieri di Lyoko in ogni modo possibile. Per evitare sospetti sulla scomparsa di William, Jeremy riesce a programmare uno spettro che prende il posto di William al Kadic, anche se il clone ha un'intelligenza di basso livello e si comporta in modo molto stupido. Verso la fine della stagione, X.A.N.A. decide di attingere energia da tutti i suoi Replikas per creare il Kolossus, un mostro gigantesco che in seguito distruggerà lo Skidbladnir. Prima che venga distrutto, Jeremy libera William dal controllo di X.A.N.A.. Dopo il suo ritorno, ha difficoltà a guadagnarsi la fiducia del gruppo. Mentre Ulrich sconfigge il Kolossus, Franz Hopper si sacrifica per alimentare il "programma anti-X.A.N.A." di Jeremy, che all'attivazione distrugge X.A.N.A. per sempre. Poco dopo, il gruppo, sebbene riluttante a causa della nostalgia, decide di spegnere il Supercomputer.