Un detective dal carattere duro si imbarca in una caccia senza tregua per liberare suo figlio da una nave da guerra aliena da incubo.
Il film è stato distribuito il 15 dicembre 2017 negli Stati Uniti da Vertical Entertainment. A differenza del suo predecessore, stroncato dalla critica, Beyond Skyline ha ricevuto recensioni contrastanti, con diversi critici che lo hanno definito un miglioramento rispetto all'originale.
Si svolge nello stesso periodo di Skyline: Mark Corley, un detective della polizia di Los Angeles, aiuta il figlio separato Trent a uscire di prigione proprio mentre inizia un'invasione aliena. L'intera popolazione della città viene risucchiata da una luce blu in diverse astronavi. Mark guida un gruppo di umani sopravvissuti attraverso i tunnel della metropolitana per fuggire, anche se la maggior parte degli umani viene uccisa o rapita. I sopravvissuti - Mark, Trent, l'operatrice dei trasporti Audrey e il senzatetto "Sarge", che è immune alla luce blu a causa della sua cecità - fuggono verso il porto turistico dopo la distruzione nucleare della città, solo per essere rapiti nell'astronave aliena.
A bordo, Mark cerca di ritrovare suo figlio e si fa strada in varie camere, dove incontra la sopravvissuta Elaine e suo marito trasformato Jarrod (dal primo film). Elaine spiega che Jarrod mantiene il controllo della sua mente nonostante sia stato trasformato in un soldato alieno bio-meccanico. Nonostante Elaine sia incinta di tre mesi, la sua gravidanza si è accelerata e dà alla luce una figlia.
Elaine muore durante il parto e Mark e Jarrod si alleano per distruggere la nave piazzando degli esplosivi alieni all'interno dei sistemi di controllo. Quando Jarrod viene ucciso combattendo contro il leader alieno, Mark salva Audrey ma arriva troppo tardi per salvare suo figlio. Trent si fa prelevare il cervello e lo inserisce in un'altra creatura bio-meccanica aliena. Jarrod, in fin di vita, distrugge la nave che si schianta nel Laos rurale.
Mark, Audrey, Sarge e il bambino fuggono dall'astronave che inizia a ripararsi. Sarge muore per le ferite riportate poco dopo che il gruppo incontra Sua e sua sorella Kanya, che appartengono a un cartello della droga e combattono sia contro gli alieni che contro i banditi ex-poliziotti locali. Mentre attraversano la giungla, scoprono che il bambino umano cresce ad un ritmo accelerato, passando da neonato a bambino di tre anni in un solo giorno. Sua e Kanya guidano gli altri verso un nascondiglio della resistenza umana situato tra le rovine della zona. Inoltre, il capo dei poliziotti disonesti Huana li intercetta ma viene disarmato e catturato da Sua.
Harper, un ufficiale medico ed ex chimico della droga, esamina la bambina e scopre il suo DNA unico. Crede che il suo sangue possa essere la chiave per sconfiggere gli alieni. Utilizzando il sangue della bambina e la tecnologia aliena recuperata, Harper sviluppa il siero che ritiene possa liberare i soldati bio-meccanici dal controllo alieno e ripristinare la loro personalità umana.
Durante un pattugliamento, Kanya incontra un alieno e si sacrifica attirandolo in un vecchio campo minato risalente alla guerra del Vietnam. L'esplosione che ne consegue distrugge l'alieno, ma rivela la loro posizione alle navi che stanno cercando il bambino. Queste convergono verso la base umana. Durante la battaglia che ne consegue, diversi membri della resistenza vengono uccisi, tra cui Harper. Mark entra in una nave aliena e usa il suo siero per trasformare la luce blu che controlla la mente in una luce rossa che libera i soldati controllati mentalmente. Prima che possa utilizzarla, gli alieni attaccano e strappano il cannone contenente la luce. Sua libera Huana, che è stato imprigionato, affinché possa combattere per la resistenza. Mark, Audrey, Sua e Huana fanno un'ultima resistenza per combattere gli alieni.
Anche Trent, la cui mente si è ristabilita dopo aver incontrato suo padre, combatte. Durante la battaglia, il bambino ripara il cannone, che Trent usa per uccidere il leader alieno e liberare la luce rossa, liberando i soldati bio-meccanici. Dopo aver salvato la Terra, Audrey chiama la bambina Rose, come la moglie defunta di Mark.
Dieci anni dopo, Rose, ormai adulta, ha preso il controllo di una nave aliena e Trent è il suo secondo in comando e fratello adottivo. Rose guida i soldati bio-meccanici liberati e gli umani in un assalto alle altre navi aliene intorno alla Luna, compresa la nave madre.