La storia si basa sul caso reale del trio di Bethnal Green, in cui tre adolescenti londinesi hanno incontrato dei reclutatori della jihad nella loro scuola superiore nel febbraio 2015. L'adattamento televisivo segue diversi personaggi, tra cui Fatima - un'agente del Servizio di Sicurezza svedese, Pervin - una giovane donna svedese attirata in Siria e Sulle - un'adolescente supponente adescata dallo Stato Islamico/ISIL. La trama esplora e ruota attorno a temi come l'estremismo islamico, il terrorismo, le tensioni all'interno dell'Islam e tra i musulmani, i diritti delle donne e i diritti umani.
Tutti gli otto episodi sono stati diretti da Goran Kapetanović. Califfato è stato reso disponibile a livello globale su Netflix il 18 marzo 2020.
La storia inizia con Pervin, una giovane donna musulmana svedese che vive sotto il controllo dell'ISIS a Raqqa, in Siria, con il marito Husam, membro dello Stato Islamico, e la loro figlia neonata Latifa. Delusa dalla vita a Raqqa controllata dall'ISIS, Pervin vuole tornare in Svezia. Dopo aver ottenuto un cellulare dalla sua vicina e amica Tine (che viene trascinata via dalla casa di Pervin, dove si era nascosta per evitare di essere costretta a risposarsi dopo la morte del marito), contatta Dolores, un'attivista anti-radicalizzazione in Svezia. Dolores mette Pervin in contatto con Fatima, un'agente del Servizio di Sicurezza svedese. Fatima è in contrasto con la leadership a causa di un precedente incidente con "Lorentz". Fatima inizia a parlare con Pervin al telefono e cerca di ottenere informazioni su un attacco terroristico che si sta pianificando in Svezia, in cambio di un ritorno sicuro in Svezia per Pervin e sua figlia.
Pervin racconta a Fatima di "Al Musafir" o il Viaggiatore, che si trova in Svezia e sta pianificando l'attacco. Al Musafir è Ibrahim "Ibbe" Haddad, che lavora come assistente di un insegnante in una scuola superiore, mentre recluta altre persone per l'attacco terroristico. Ha già reclutato con successo due fratelli: Jacob, un ex prigioniero e alcolizzato, ed Emil, il fratello minore, sensibile e mentalmente disabile. I due hanno un rapporto teso con la madre, che favorisce chiaramente Emil e guarda male a Jacob non solo per il suo passato ma anche per la sua conversione all'Islam. Sotto un'altra identità, Ibbe recluta anche Miryam, cresciuta a Baghdad, e le promette di sposarsi in cambio del suo contributo ai suoi piani.
Contemporaneamente Ibbe cerca di radicalizzare le ragazze del liceo condividendo video di reclutamento e propaganda dell'ISIS. Riesce a reclutare Sulle, un'attivista palestinese, e la sua amica Kerima, entrambe quindicenni che iniziano a indossare l'hijab e a seguire le lezioni di Sharia. Alle ragazze vengono mostrate immagini di palazzi e viene detto loro che se si fossero trasferite nel Califfato islamico avrebbero potuto vivere nel lusso e far parte di qualcosa di speciale sposando dei combattenti jihadisti. I genitori di Sulle si rendono conto della radicalizzazione della figlia e cercano di fermarla minacciando di farla sposare con un parente in Giordania. Sulle inavvertitamente trascina la sorella tredicenne Lisha nell'ideologia dell'estremismo islamico, le cui implicazioni saranno rese note solo più avanti nella serie. A casa, Kerima subisce abusi fisici da parte del padre alcolizzato, che soffre di Disturbo Post-Traumatico da Stress dopo aver combattuto nella Seconda Guerra di Cecenia; perseguitandola, Ibbe porta Kerima nella sua casa per indottrinarla ulteriormente.
Fatima non rivela la sua fonte (Pervin) ai suoi superiori, ma rivela vaghi dettagli su un complotto terroristico. I suoi superiori le dicono di abbandonare l'indagine e la fanno sospendere per aver consumato cannabis. Rimane in contatto con il suo fidanzato, Calle, anche lui nel Servizio di Sicurezza, e continua a condividere informazioni con lui. Continua a raccogliere informazioni da Pervin e cerca di ricostruire i dettagli del complotto. Si mette sulle tracce di Jacob ed Emil quando indaga sulle informazioni fornite da Pervin su un poligono di tiro abbandonato. Jacob prende la sua targa e la rintraccia.
Dolores e Ibbe sono a un incontro anti-radicalizzazione quando Ibbe esce per parlare con Jacob. L'ospite mostra un video dell'ISIS e indica un tatuaggio sull'avambraccio di uno dei terroristi. Più tardi, mentre si trova in un bar, Dolores vede il tatuaggio sul braccio di Ibbe. Dopo che Ibbe l'ha accompagnata, chiama Fatima per dirle che ha delle informazioni importanti e le chiede di incontrarla nell'appartamento di Fatima. Quando Dolores si reca sul posto, viene accoltellata da un aggressore e muore. Quando Fatima arriva, è stato diramato un avviso di cattura e lei pensa di fuggire. Va a casa di Dolores per prendere dei soldi e delle provviste, ma entrano anche due poliziotti. Li rinchiude in una camera da letto sotto la minaccia di una pistola, prima di fuggire e diventare oggetto di una caccia all'uomo. Trova rifugio a casa di un collega del padre.
Pervin diventa oggetto delle attenzioni di Ahmed, uno dei colleghi di Husam. Una sera arriva a casa sua e la sorprende a parlare con Fatima. La violenta e sta per ucciderla quando lei lo pugnala a morte. Getta il suo corpo nel pozzo dei suoi vicini. Husam, sotto l'effetto di farmaci per dormire, entra in cucina e vede il sangue sul pavimento, ma Pervin lo convince che sta sognando. Non riesce mai a dimenticarlo e si convince di aver ucciso Ahmed, finché Pervin non gli dice la verità.
Fatima cerca aiuto per liberare Pervin e viene messo a punto un piano per portarla via da Raqqa. Nel frattempo, Sulle e Kerima hanno i biglietti aerei per andare in Turchia e vengono prelevate da Ibbe e dalla donna che ha insegnato loro l'Islam. All'ultimo momento, Lisha, la sorella minore di Sulle, si unisce a loro in macchina e partono per l'aeroporto. Sulle ha mentito ai suoi genitori dicendo che sarebbe andata a una partita di basket. Suo padre Suleiman, che non vede di buon occhio la religione, finisce di lavorare presto e decide di andare a vedere la partita, ma vede che lo stadio è vuoto. Chiama Calle, che lancia un allarme alle autorità tedesche e turche. Credono di aver rintracciato le ragazze in viaggio verso Istanbul, ma si accorgono che i loro passaporti sono stati scambiati e che le ragazze si trovano in realtà ad Ankara. Decidono di intercettare il veicolo di trasporto al confine tra Turchia e Siria. Riescono a salvare tutti tranne Lisha, che è in viaggio verso la Siria.
Calle convince Fatima a chiedere aiuto a Pervin per salvare Lisha. Pervin e sua figlia hanno raggiunto il loro veicolo di trasporto quando Fatima la convince a tornare a casa e a salvare Lisha. In cambio, Fatima si recherà personalmente in Siria per salvare tutti. Pervin convince Husam a prendere Lisha come seconda moglie.
Prima di partire per compiere l'attacco, Jacob pugnala a morte la madre nella loro cucina. Fatima sta seguendo Jacob ed Emil, ma perde le loro tracce dopo aver scambiato l'auto a casa della madre. Fatima viene a conoscenza dei tre obiettivi terroristici pochi minuti prima che la polizia si avvicini alla sua posizione e viene presa in custodia prima di poter condividere qualsiasi informazione. In cambio delle informazioni, promette di liberare Husam insieme a Pervin e Lisha. Tutti e tre gli attacchi terroristici vengono comunque fermati dal Servizio di Sicurezza che, a quanto pare, ne è sempre stato a conoscenza. Hanno tenuto Fatima all'oscuro perché non si fidavano di lei. In cambio del suo silenzio, viene rilasciata dal carcere. Ibbe fa esplodere una bomba in un garage e riesce a fuggire per un pelo travestendosi da donna.
Fatima si reca in Siria per salvare Pervin, Lisha e Husam. Pochi minuti prima del suo arrivo, Omar, il collega di Husam, arriva per portare Husam a compiere un attentato suicida. Husam cerca di guadagnare tempo, ma Lisha, completamente radicalizzata (ancor più di quanto lo fosse sua sorella) e non disposta a tornare in Svezia, rivela a Omar il loro piano di fuga. Omar spara a Pervin alle spalle e sta per sparare a Husam, quando Fatima arriva e lo uccide. Si dirigono rapidamente verso l'auto, mentre Lisha, impazzita, si rifiuta di unirsi a loro e la lasciano indietro. Riescono a uscire da Raqqa, ma Pervin muore subito dopo il posto di frontiera. Uno sconvolto Pervin aiuta l'altrettanto sconvolto Husam a trasportare sua figlia e riescono a tornare in Svezia.
Sulle e Kerima vengono interrogate dal Servizio di Sicurezza. Una pentita Sulle rivela l'identità di Ibbe nel tentativo di salvare sua sorella Lisha. Kerima tenta il suicidio e viene portata in una struttura di salute mentale dove mette le mani su un cellulare e avverte Ibbe che la sua copertura potrebbe saltare. Calle si reca a scuola per prendere in custodia Ibbe, ma quest'ultimo scappa. Kerima si incontra con Ibbe e decide di partecipare a un nuovo attacco a un concerto di ragazze. Kerima deve indossare un giubbotto suicida bloccato in modo da non poterlo rimuovere una volta indossato. Ibbe convince Kerima che anche lui e Sulle faranno parte dell'attacco e indosseranno un giubbotto suicida simile. Una volta arrivati al concerto, dopo aver indossato il giubbotto suicida, Kerima manda un messaggio a Sulle; solo per scoprire che Ibbe ha mentito e che Sulle non è affatto coinvolto nel piano. Nei bagni della struttura del concerto, Kerima tenta brevemente di rimuovere il giubbotto, ma non ci riesce; quindi avverte alcuni dei presenti, che fuggono, e aspetta che la bomba esploda mentre ha un ultimo scambio di battute con Sulle, in lacrime, al telefono. Ibbe innesca la bomba.