Nel nuovo film di Shaun, fuori dal mondo, ci sono incontri ravvicinati tra le mandrie. Strane luci sulla tranquilla cittadina di Mossingham annunciano l'arrivo di un misterioso visitatore dall'altra parte della galassia... ma nella vicina Fattoria di Mossy Bottom, Shaun ha altro a cui pensare, visto che i suoi piani maliziosi vengono continuamente ostacolati da un Bitzer esasperato. Quando un alieno impetuoso e adorabile con poteri straordinari si schianta vicino alla fattoria di Mossy Bottom, Shaun vede subito un'opportunità di divertimento e avventura alimentata dagli alieni e parte in missione per riportare a casa il visitatore intergalattico prima che una sinistra organizzazione possa catturarlo... riusciranno Shaun e il gregge a scongiurare il disastro della fattoria di Mossy Bottom prima che sia troppo tardi?
I piani per un sequel sono iniziati nel 2015, dopo l'uscita del primo film. La produzione del film è iniziata ufficialmente dopo la fine della produzione di Early Man (2018). Era stato annunciato il ritorno di Richard Starzak come regista, ma nel novembre 2018 è stato annunciato che il film sarebbe stato diretto da Becher e Phelan.
Un film di Shaun the Sheep: Farmageddon è stato distribuito nei cinema il 18 ottobre 2019 nel Regno Unito e su Netflix negli Stati Uniti il 14 febbraio 2020. Il film ha guadagnato 43,1 milioni di dollari e ha ricevuto recensioni generalmente positive dalla critica, che ne ha lodato l'animazione, l'umorismo e il fascino. È stato nominato ai British Academy Film Awards come miglior film d'animazione e agli Academy Awards come miglior film d'animazione, perdendo rispettivamente contro Klaus e Soul.
Nella città di Mossingham, il contadino John e il suo cane Bingo scoprono l'atterraggio di un UFO e fuggono dall'alieno che ne esce. Nella vicina fattoria di Mossy Bottom, Shaun e il suo gregge cercano di passare il tempo con diverse attività pericolose, ma Bitzer li ferma. Dopo che gli è stato vietato di fare un barbecue per cena, Shaun decide di ordinare tre pizze, ma quando le pizze arrivano, sia Bitzer - che intercetta due terzi della consegna - sia il gregge scoprono che le scatole della pizza sono completamente vuote.
La mattina dopo, Shaun scopre una scia di croste di pizza e incontra l'alieno. Il visitatore si presenta come Lu-La, un'aliena impertinente proveniente dal pianeta To-Pa che può imitare i suoni e far levitare gli oggetti. Quando Shaun la presenta al gregge, la ragazza combina guai con una mietitrebbia, danneggiandola e trasformando un campo dietro la fattoria in cerchi nel grano involontari. Approfittando delle recenti notizie di avvistamenti alieni, l'Agricoltore deduce di poter creare un parco a tema alieno, "Farmageddon", in cui guadagnare denaro per permettersi una nuova mietitrebbia.
Il capo del Ministero per l'Individuazione degli Alieni (M.A.D.), l'Agente Red, ossessionato dall'idea di dimostrare l'esistenza degli alieni da quando ne ha visti due da bambino, indaga sulle rivendicazioni degli UFO. Nel frattempo, Lu-La e Shaun rintracciano l'UFO, seguiti da Bitzer, che li nota mentre affiggono volantini per "Farmageddon" con un costume da alieno. A bordo dell'UFO, Lu-La trasmette i suoi ricordi a Shaun, rivelando di essere in realtà una bambina e di aver accidentalmente lanciato l'astronave dei suoi genitori mentre ci giocava. I due si rendono conto di aver bisogno di un dispositivo a forma di sfera a forma di uovo, lasciato cadere da Lu-La quando ha lasciato l'UFO, per attivarlo. M.A.D. scambia Bitzer per un alieno e lo segue fino all'UFO, catturandolo con Shaun, Lu-La e Bitzer ancora a bordo. Trovano anche il dispositivo e riportano sia il dispositivo che l'UFO alla loro base segreta.
Alla base, Shaun e Lu-La sgattaiolano fuori e riescono a recuperare il dispositivo, riavviando con successo la nave e fuggendo dalla base. Durante il tragitto, Shaun ignora le istruzioni di Bitzer di non premere i pulsanti dell'astronave e la fa precipitare alla fattoria. Con l'UFO distrutto, Lu-La ha il cuore spezzato. Sentendosi in colpa, Shaun scopre che il dispositivo può essere utilizzato per inviare un segnale di soccorso se raggiunge un punto abbastanza alto. Shaun propone a lui e a Lu-La di tentare di raggiungere la cima della torre del parco a tema "Farmageddon" degli agricoltori per stabilire un contatto.
Con l'aiuto del gregge e di Bitzer, Shaun e Lu-La scalano la torre mentre il Contadino lancia uno spettacolo nel parco a tema. Nel frattempo, Red arriva e insegue Shaun e Lu-La sulla torre con un mecha. Shaun riesce a buttare giù Red dalla torre e invia un segnale di soccorso a To-Pa. I genitori di Lu-La, Ub-Do e Me-Ma, arrivano rapidamente e si riuniscono alla figlia. Alla fine Red accoglie gli alieni, riconoscendoli come quelli che aveva visto da bambina. Shaun, Bitzer e il gruppo si congedano dagli alieni, mentre il parco a tema e lo spettacolo "Farmageddon" ricevono recensioni entusiastiche, poiché l'intero incidente viene considerato parte degli effetti speciali dello spettacolo. Sulla via del ritorno a To-Pa, gli alieni scoprono che l'Agricoltore è salito accidentalmente a bordo del loro UFO e lo riportano sulla Terra.
In una scena a metà dei titoli di coda, Shaun, Bitzer e il gregge giocano con un frisbee, mentre l'Agricoltore prova la sua nuova mietitrice; il frisbee si impiglia nel macchinario della mietitrice e la fa esplodere.
In una scena post-credits, uno degli agenti M.A.D. in tenuta antigas entra in una stanza nera con una tastiera. Si toglie la tuta e rivela di essere il Professor Brian Cox. Si mette a suonare "Things Can Only Get Better" sulla tastiera, ma viene interrotto da Timmy, che stacca la spina della tastiera.