Men in Black II streaming non più disponibile da novembre 2022

Nel luglio 2002, l'agente J è diventato un agente di punta ma ha sviluppato l'abitudine di neuralizzare i partner che ritiene non siano emotivamente in grado di affrontare il lavoro. Quando viene chiamato a indagare sull'omicidio di un alieno, Ben, nella sua pizzeria, la cameriera Laura Vasquez gli dice che gli assassini sono Serleena, una Kylothian mutaforma e vermiforme che ha assunto le sembianze di una modella di lingerie di Victoria's Secret, e i suoi servitori bicefali Scrad e Charlie. Laura dice che stavano cercando una cosa chiamata Luce di Zarta. J è fortemente attratto da Laura e, in violazione delle regole del MiB, non la neuralizza per cancellare i suoi ricordi.

J scopre che non si sa molto della Luce di Zarta, se non che è immensamente potente. Mentre indaga sul crimine, ogni pista porta al suo ex partner e mentore, l'Agente K, che è stato neuralizzato al momento del pensionamento cinque anni prima e non ricorda nulla del suo servizio nei MIB. A Truro, nel Massachusetts, dove K è ora il direttore delle poste della città, J lo convince del suo passato dimostrando che tutti i suoi colleghi impiegati postali sono alieni.

A New York, Serleena, insieme a Scrad e Charlie, sferra un attacco al quartier generale della MIB prima che la neuralizzazione di K possa essere invertita, ma Jack Jeebs ha un neuralizzatore illegale nel suo scantinato. Alla fine K riacquista i suoi ricordi, ma ricorda che anni prima si era neuralizzato appositamente per cancellare ciò che sapeva della Luce di Zarta e quei ricordi non sono tornati. Per precauzione, si è lasciato una serie di indizi.

Alla pizzeria trovano la chiave di un armadietto. J e K temono per la sicurezza di Laura e la nascondono con i vermi. La chiave apre un armadietto nella Grand Central Station dove una società di piccoli alieni, che adorano K come loro divinità, custodisce le loro reliquie più sacre: L'orologio da polso e la tessera del videonoleggio di K.

Al negozio, mentre J e K guardano una storia romanzata della Luce di Zartha, K ricorda che la regina zarthana Lauranna tempo fa affidò agli Uomini in Nero il compito di salvaguardare la Luce dalla sua nemesi, Serleena, che seguì Lauranna sulla Terra e la uccise. Dopo aver nascosto la Luce, un K affranto dal dolore si è neuralizzato, sia per seppellire la sua tristezza sia per assicurarsi che non avrebbe mai rivelato il suo nascondiglio. K non riesce ancora a ricordare dove l'ha nascosta né che aspetto abbia la Luce. Pensando che possa essere il braccialetto di Laura, ricorda solo che deve tornare presto a Zartha o sia la Terra che Zartha saranno distrutte.

Nell'appartamento dei vermi, scoprono che Laura è stata catturata da Serleena. Con i vermi, attaccano il quartier generale della MIB, liberando Laura e gli altri agenti. Serleena tenta di vendicarsi inseguendoli con un'astronave per tutta New York ma viene mangiata da Jeff, un gigantesco verme alieno che vive nella metropolitana di New York.

Il braccialetto di Laura conduce J e K sul tetto di un grattacielo dove una nave è pronta a trasportare la Luce su Zartha. K rivela che Laura è la figlia di Lauranna (e, implicitamente, sua figlia) e che è anche la Luce. K convince J e Laura che deve andare a Zartha per salvare il suo pianeta e la Terra dalla distruzione. Serleena, che ha assorbito Jeff e ha preso le sue sembianze, tenta di afferrare la nave che trasporta Laura mentre si alza in volo, ma J e K la fanno volare via dal cielo. Poiché tutta New York ha appena assistito a questa battaglia nei cieli della metropoli, K attiva un neuralizzatore gigante nella torcia della Statua della Libertà.

Tornato al quartier generale del MIB, J scopre che K e il capo Zed hanno trasferito i piccoli alieni che abitano gli armadietti nel suo armadietto dei Men in Black, sperando di dargli una prospettiva. Quando J suggerisce di mostrare alle creature in miniatura che il loro universo è più grande di un armadietto, K mostra a J che l'universo umano è esso stesso un armadietto all'interno di un'immensa stazione ferroviaria aliena.