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Barry B. Benson, un'ape idealista che ha la capacità di parlare con gli esseri umani, si è da poco laureato e sta per entrare nella forza lavoro dell'alveare della Honex Industries per la produzione di miele insieme al suo migliore amico Adam Flayman. Barry è inizialmente entusiasta di entrare a far parte della forza lavoro, ma il suo atteggiamento ambizioso e insubordinato emerge quando scopre che la sua scelta di lavoro non cambierà mai una volta scelto. In seguito, le due api si imbattono in un gruppo di Pollen Jocks, api che raccolgono il polline dai fiori fuori dall'alveare, e si offrono di prendere Barry con loro se è "abbastanza ape". Durante la sua prima spedizione di raccolta del polline a New York, Barry si perde sotto la pioggia e finisce sul balcone di una fioraia umana di nome Vanessa Bloome. Quando si accorge di Barry, Ken, il fidanzato di Vanessa, tenta di schiacciarlo, ma Vanessa cattura e libera Barry fuori dalla finestra, salvandogli la vita.

In seguito Barry torna per esprimere la sua gratitudine a Vanessa, infrangendo la regola sacra secondo cui le api non devono comunicare con gli esseri umani. Barry e Vanessa sviluppano una stretta amicizia, al limite dell'attrazione, e trascorrono del tempo insieme. Quando lui e Vanessa si trovano al supermercato, Barry scopre che gli esseri umani rubano e mangiano il miele delle api da secoli. Decide quindi di recarsi alla Honey Farms, che fornisce il miele al negozio di alimentari. Incredulo per il pessimo trattamento riservato alle api nell'alveare, compreso l'uso di fumogeni per inabilitare la colonia, Barry decide di fare causa alla razza umana per porre fine allo sfruttamento delle api.

La missione di Barry attira l'attenzione di api e umani, con innumerevoli spettatori che assistono al processo. Anche se Barry deve affrontare il duro avvocato difensore Layton T. Montgomery, il primo giorno del processo va bene. Quella sera, Barry sta cenando con Vanessa quando arriva Ken. Vanessa lascia la stanza e Ken dice a Barry che non sopporta che i due passino del tempo insieme. Quando Barry esce per andare in bagno, Ken tende un'imboscata a Barry e tenta di ucciderlo, ma Vanessa interviene e rompe con Ken. Il secondo giorno, durante il processo, Montgomery si lancia in un'impenitente stroncatura delle api che porta Adam, profondamente offeso, a pungerlo. Montgomery esagera immediatamente la puntura per sembrare la vittima di un'aggressione e allo stesso tempo offendere Adam. Le azioni di Adam mettono a rischio la credibilità delle api e la sua vita, anche se si riprende. Il terzo giorno, Barry vince il processo esponendo alla giuria il trattamento tortuoso delle api, in particolare l'uso dell'affumicatore, e impedisce agli esseri umani di rubare il miele alle api. Avendo perso il processo, Montgomery avverte in modo criptico Barry che un cambiamento negativo della natura è imminente.

Come si scopre, la Honex Industries blocca la produzione di miele e toglie il lavoro a tutte le api, comprese le importantissime Pollen Jocks, con il risultato che tutti i fiori del mondo iniziano a morire senza alcuna impollinazione. In breve tempo, gli ultimi fiori rimasti sulla Terra vengono ammassati a Pasadena, in California, in vista dell'ultima Tournament of Roses Parade. Barry e Vanessa si recano alla parata e rubano un carro, che caricano su un aereo. Sperano di portare i fiori alle api in modo che possano reimpollinare gli ultimi fiori rimasti al mondo. Quando il pilota e il copilota dell'aereo perdono i sensi, Vanessa è costretta ad atterrare con l'aiuto di Barry e delle api dell'alveare di Barry.

Barry diventa un membro dei Pollen Jocks e vola in un campo di fiori. Armati del polline degli ultimi fiori, Barry e i Pollen Jocks annullano il danno e salvano i fiori del mondo, facendo ripartire la produzione di miele delle api. In seguito, Barry gestisce uno studio legale presso il negozio di fiori di Vanessa, intitolato "Insetti per legge", che si occupa delle controversie tra animali e umani. Mentre vende fiori ai clienti, Vanessa offre alcune marche di miele "approvate dalle api".