Dopo aver dato la caccia e ucciso centinaia di criminali violenti, Frank Castle (Ray Stevenson), alias The Punisher, affronta il suo nemico più letale: Jigsaw.
È stato l'ultimo film sul Punitore a essere prodotto da uno studio esterno prima che i diritti passassero ai Marvel Studios, e Stevenson ha ripreso il suo ruolo di Castle in The Super Hero Squad Show. Nel 2017 è stata pubblicata su Netflix una serie televisiva ambientata nel Marvel Cinematic Universe.
Dopo aver perso la sua famiglia a causa della violenza della mafia, l'ex marine Force Recon Frank Castle ha trascorso gli ultimi cinque anni come vigilante conosciuto come il Punitore. Castle assalta una festa per Don Gaitano Cesare e uccide lui e gli invitati. Il caporegime di Cesare, Billy "Il Castoro" Russotti, scappa nel suo nascondiglio di riciclaggio e i detective Martin Soap e Saffiotti, che stavano sorvegliando la festa, informano Castle. Castle si infiltra nel nascondiglio di Russotti e, dopo un breve scontro a fuoco, Russoti viene gettato in una macchina frantuma-vetro che lo lascia orribilmente sfigurato. In seguito Russoti si fa chiamare "Jigsaw" perché i punti di sutura sul suo viso ricordano i pezzi di un puzzle. Castle, che si ripara dietro il corpo di Nicky Donatelli, scopre che Donatelli era in realtà un agente dell'FBI sotto copertura.
L'agente Paul Budiansky, partner dell'agente deceduto, si unisce alla "Punisher Task Force" della polizia di New York, collaborando con Soap per aiutare Castle a consegnarlo alla giustizia. Nel frattempo, Jigsaw libera il suo fratello squilibrato e cannibale, "Loony Bin Jim".
Sconvolto dall'uccisione dell'agente, Castle tenta senza successo di risarcire la moglie di Donatelli, Angela, e la figlia Grace. Castle minaccia di ritirarsi dall'attività di vigilante, ma il suo armaiolo Microchip gli fa cambiare idea, dicendogli che Jigsaw darà la caccia alla famiglia di Donatelli per vendicarsi.
Jigsaw, Loony Bin Jim e i loro due scagnozzi, Ink e Pittsy, fanno irruzione nella casa di Donatelli e tengono in ostaggio la famiglia. Il Punitore rintraccia Maginty, un noto collaboratore di Jigsaw, e lo giustizia dopo aver estratto le informazioni prima che Budiansky e Soap lo arrestino. Castle gli dice che Jigsaw ha dato la caccia alla famiglia di Donatelli e Budiansky invia un'auto della polizia a controllare la residenza di Donatelli, con l'intenzione di denunciare il Punitore. Quando la pattuglia non risponde, Budiansky controlla la casa, dove Ink e Pittsy lo catturano. Soap libera il Punitore, che uccide Ink e Pittsy prima di portare via Angela e Grace. Budiansky arresta Jigsaw e Loony Bin Jim dopo un breve scontro a fuoco.
Jigsaw e suo fratello contrattano con l'FBI il loro rilascio consegnando Cristu Bulat, che stava contrabbandando un'arma biologica destinata ai terroristi arabi nel Queens, a New York. I fratelli ottengono l'immunità, oltre ai 12 milioni di dollari che Bulat pagava per utilizzare il porto di Jigsaw e un dossier su Micro. Prendono Micro in ostaggio, uccidendo sua madre. Prendono ancora una volta in ostaggio i Donatelli, dopo aver ferito gravemente Carlos, il socio di Micro che Castle aveva lasciato per proteggerli. In seguito, Castle arriva al nascondiglio e uccide Carlos. Jigsaw si installa nell'Hotel Bradstreet, mettendo insieme un piccolo esercito di gangster che desiderano vendicarsi del Punitore. Castle chiede l'aiuto di Budiansky, che informa il padre di Cristu, Tiberiu Bulat, della posizione di Jigsaw. I sicari di Tiberiu iniziano una sparatoria nella hall dell'hotel, offrendo a Castle una distrazione.
Castle entra da una finestra del secondo piano, dando vita a uno scontro a fuoco con i sicari di Jigsaw. In seguito, Castle affronta Loony Bin Jim in un combattimento solitario; rendendosi conto che probabilmente non sopravviverà alla rissa, Jim fugge. Castle lo insegue e lo affronta insieme a Jigsaw, che tiene sotto tiro Micro e Grace. Jigsaw offre a Castle una scelta: se Frank spara a Micro, Jigsaw lascerà liberi gli altri. Micro offre coraggiosamente la sua vita per salvare la ragazza, ma Castle sceglie di sparare a Loony Bin Jim. Di conseguenza, Jigsaw uccide Micro. Infuriato per la morte del suo compagno, Castle attacca Jigsaw, finendo per impalarlo con un'asta di metallo e gettarlo su un fuoco. Mentre Jigsaw muore bruciato, Castle gli dice con calma: "Questo è solo l'inizio". Fuori, Angela perdona Castle e si congeda da Budiansky e dalla famiglia Donatelli. Mentre Castle e Soap se ne vanno insieme, Soap cerca di convincere Castle a rinunciare al suo status di vigilante dopo aver "ucciso tutti i criminali della città". Soap cambia idea quando viene bloccato da un rapinatore omicida, che diventa subito un'altra vittima del Punitore.