Un giovane ninja volta le spalle all'orfanotrofio che lo ha cresciuto, portando a uno scontro con un compagno del clan.
Ninja Assassin ha debuttato nei cinema degli Stati Uniti il 25 novembre 2009 e ha ricevuto recensioni contrastanti da parte della critica. Il suo incasso è stato di 61.590.252 dollari, di cui 38.122.883 dollari in Nord America. Il budget del film è stato di 40-50 milioni di dollari.
Il clan Ozunu, guidato dallo spietato Lord Ozunu, addestra gli orfani di tutto il mondo per farli diventare i migliori ninja assassini. Raizo è uno degli orfani. L'addestramento del clan Ozunu è estremamente brutale, soprattutto per Raizo, che sarà il prossimo successore del clan. L'unica gentilezza che prova è quella di una giovane kunoichi di nome Kiriko, con la quale alla fine sviluppa un legame romantico. Con il passare del tempo, Kiriko si disinnamora della routine degli Ozunu e decide di abbandonarla. Una notte di pioggia, Kiriko si arrampica su un muro per fuggire e incoraggia Raizo a unirsi a lei, ma lui sceglie di restare. Marchiata come traditrice, Kiriko viene catturata e successivamente giustiziata davanti a Raizo dal fratello ninja maggiore Takeshi, che la impala al cuore.
Anni dopo, Raizo adulto viene incaricato da Lord Ozunu di portare a termine il suo primo assassinio. Dopo la missione, Raizo incontra il resto del suo clan in cima a un grattacielo di Berlino. Lì, Lord Ozunu gli ordina di giustiziare un traditore kunoichi. Ricordando la morte di Kiriko, Raizo taglia il volto di Lord Ozunu con il suo kyoketsu-shoge e combatte contro i suoi compagni ninja. Sopravvivendo a stento, cade dal tetto e finisce in un fiume. Dopo anni, Raizo si riprende e si allena da solo per intervenire e sventare tutti i tentativi di assassinio di Ozunu.
Nel frattempo, l'agente dell'Europol Mika Coretti sta indagando sugli omicidi politici legati al denaro e scopre che potrebbero essere collegati all'Ozunu. Sfida il suo superiore, Ryan Maslow, e recupera i file segreti dell'agenzia per saperne di più sull'indagine. Mika incontra Raizo e lo convince a incontrare Maslow per ottenere protezione e fornire prove contro gli Ozunu. Tuttavia, Raizo viene arrestato da Maslow e rapito dagli agenti dell'Europol per essere interrogato.
Pur sentendosi tradita, Mika viene rassicurata da Maslow che è ancora dalla sua parte e le dà un dispositivo di localizzazione per le emergenze. I ninja Ozunu si infiltrano nella casa sicura dell'Europol, dove è detenuto Raizo, nel tentativo di uccidere lui e tutti i presenti. Mika libera Raizo ed entrambi riescono a fuggire, ma Raizo subisce ferite quasi mortali. Mika lo porta quindi in un motel per nascondersi. Riposando nel motel, Mika impianta il dispositivo di localizzazione in Raizo, mentre i ninja rimangono all'inseguimento. Non riuscendo a respingere gli Ozunu, si nasconde fuori dal motel fino all'arrivo delle Forze Speciali per aiutarla.
Quando arrivano, i ninja hanno già rapito Raizo e lo portano davanti a Lord Ozunu per l'esecuzione. Durante il trasporto verso l'Ozunu, Raizo usa le sue tecniche ninja per guarire le proprie ferite. Le forze speciali dell'Europol e le squadre tattiche guidate da Maslow fanno irruzione nel rifugio isolato di Ozunu (immerso nelle montagne) utilizzando il dispositivo di localizzazione di Raizo.
Trasformando la notte in giorno saturando il cielo con potenti razzi, le forze militari sono in grado di combattere i ninja alle loro condizioni. Nella confusione, Mika libera Raizo dalle sue catene. Quest'ultimo uccide Takeshi e affronta Lord Ozunu in un duello con la spada. Mika si intromette per aiutarlo ma viene pugnalata da Lord Ozunu. Infuriato, Raizo utilizza per la prima volta la tecnica della "fusione delle ombre" per distrarre e uccidere Lord Ozunu. Mika, apparentemente ferita a morte, si salva grazie a una stranezza della nascita: il suo cuore si trova infatti sul lato destro del petto.
Con gli Ozunu sconfitti, l'Europol se ne va. Raizo rimane nelle rovine del rifugio degli Ozunu. Arrampicandosi sulla stessa parete che Kiriko aveva fatto in passato, guarda la campagna circostante e respira con un sorriso, sentendo la sua libertà per la prima volta.