Il giovane Gon vive su una piccola isola con sua zia. Abbandonato dal padre cacciatore, sia avventuriero che cacciatore di taglie, Gon decide all'età di 12 anni di partire per diventare un cacciatore. Non sarà facile, dovrà superare una serie di prove ed esami in compagnia di migliaia di altri pretendenti al titolo di Cacciatore. Sarà aiutato da nuove conoscenze che aspirano al suo stesso obiettivo, come Kurapika, Leorio e Killua.
Questo nuovo anime di Hunter × Hunter è stato annunciato il 24 luglio 2011. Si tratta di un reboot completo dell'adattamento anime che parte dall'inizio del manga, senza collegamenti con il primo anime del 1999. Prodotta da Nippon TV, VAP, Shueisha e Madhouse, la serie è diretta da Hiroshi Kōjina, con Atsushi Maekawa e Tsutomu Kamishiro che si occupano della composizione della serie, Takahiro Yoshimatsu che disegna i personaggi e Yoshihisa Hirano che compone la musica. Invece di far riprendere i ruoli al vecchio cast per il nuovo adattamento, la serie presenta un cast completamente nuovo per dare voce ai personaggi. La nuova serie è stata trasmessa in prima visione settimanale su Nippon TV e sul canale nazionale Nippon News Network a partire dal 2 ottobre 2011. La serie ha iniziato a essere raccolta in formato DVD e Blu-ray il 25 gennaio 2012. Viz Media ha concesso in licenza l'anime per un'uscita in DVD/Blu-ray in Nord America con un doppiaggio in inglese. In televisione, la serie ha iniziato ad andare in onda sul blocco di programmazione Toonami di Adult Swim il 17 aprile 2016 e si è conclusa il 23 giugno 2019.
La sigla di apertura della serie anime si alterna tra la canzone "Departure!" e una versione alternativa intitolata "Departure! -Second Version-", entrambe cantate dal cantante di Galneryus Masatoshi Ono. Come sigla finale sono stati utilizzati cinque brani musicali: "Just Awake" del gruppo giapponese Fear, and Loathing in Las Vegas negli episodi dall'1 al 26, "Hunting for Your Dream" di Galneryus negli episodi dal 27 al 58, "Reason" cantata dal duo giapponese Yuzu negli episodi dal 59 al 75, "Nagareboshi Kirari" cantata sempre da Yuzu dall'episodio 76 al 98, originariamente tratta dall'adattamento cinematografico dell'anime Hunter × Hunter: Phantom Rouge, e "Hyōri Ittai" cantata da Yuzu con Hyadain dall'episodio 99 al 146, utilizzata anche nel film Hunter × Hunter: The Last Mission. La musica di sottofondo e la colonna sonora della serie sono state composte da Yoshihisa Hirano.
La storia inizia con un ragazzo di nome Gon che aspira a diventare come suo padre Ging. Ging ha lasciato suo figlio alle cure di Mito, la zia di Gon, e da allora non è più tornato. Per dimostrare di essere in grado di sostenere l'esame, Gon cattura il pesce mostro locale, il "Signore del Lago". Sebbene Mito sia riluttante a lasciare che Gon lasci la sua casa, cede dopo aver visto la sua determinazione a capire perché suo padre se ne sia andato e quale fosse il suo interesse a diventare un Cacciatore. Dopo aver salutato Mito e gli abitanti della città, Gon si imbarca su una nave con partecipanti provenienti da altre terre e salpa per la sede dell'esame. Dopo che Gon prevede l'avvicinarsi di una violenta tempesta, il capitano riesce a guidare la nave attraverso la tempesta. In seguito si scopre che è uno degli esaminatori dei Cacciatori e sceglie Gon, Kurapika (che vuole diventare un Cacciatore per dare la caccia alla Troupe Fantasma, un gruppo di ideologi assetati di denaro che ha massacrato il suo clan alla ricerca degli occhi rossi posseduti dalla sua stirpe) e Leorio (che sostiene di voler diventare un Cacciatore solo per i soldi, ma in realtà è un uomo dal cuore buono). Kurapika e Leorio hanno una discussione, escono sul ponte per combattere durante la tempesta, ma vengono interrotti quando Gon va a salvare un membro dell'equipaggio caduto dalla nave. Gon, Kurapika e Leorio aiutano a salvare il membro dell'equipaggio, ottenendo l'approvazione del capitano, che invia i tre al porto più vicino al luogo dell'esame.