Rurouni Kenshin: Kyoto Inferno streaming disponibile da giugno 2021

Nella miniera di Settsu, nella prefettura di Hyōgo, Saitō Hajime guida la polizia giapponese sulle tracce di Shishio Makoto, un noto rinnegato che è stato tradito dal governo dopo averlo aiutato a sconfiggere lo shogunato Tokugawa durante la battaglia di Toba-Fushimi. Tuttavia, gli uomini di Shishio tendono un'imboscata e massacrano la polizia nella miniera; Sishio rivela a Saitō il suo piano di conquista del Giappone prima di andarsene.

Dopo gli eventi del primo film, Himura Kenshin continua a vivere nel dojo di kenjutsu di Kamiya Kaoru insieme a Myōjin Yahiko, Sagara Sanosuke e Takani Megumi. Viene chiamato da un funzionario del governo, Ōkubo Toshimichi, per rintracciare Shishio, che sta terrorizzando Kyoto e i suoi dintorni. Anche se all'inizio rifiuta la richiesta, cede quando il funzionario viene ucciso da Seta Sōjirō, un sottoposto di Shishio. Subito dopo la partenza di Kenshin, un individuo arriva a Tokyo e lo cerca, sconfiggendo Sanosuke lungo la strada.

Durante il viaggio, Kenshin incontra Makimachi Misao, che tenta di rubargli il sakabato. Mentre i due conversano, vengono avvisati da un ragazzo della situazione dei suoi genitori e del fratello, tutti uccisi dagli uomini di Shishio per aver tentato di denunciare alle autorità le atrocità commesse nel loro villaggio. Kenshin sconfigge gli uomini di Shishio, ma la sua identità di Hitokiri Battōsai viene rivelata. Kenshin viene portato dallo stesso Shishio, il quale ordina a Sōjiro di sfidare Kenshin in un duello che si conclude con la rottura del sakabato di Kenshin da parte di Sōjiro. Mentre lascia la scena, Kenshin esorta gli abitanti del villaggio, compreso il ragazzo orfano, a non vendicarsi degli uomini di Shishio.

Arrivato a Kyoto, Kenshin viene invitato da Misao, che rimane colpita dalle sue parole, a rifugiarsi in una locanda gestita da Kashiwazaki Nenji, in realtà un ninja semi-pensionato di nome Okina, un tempo alle dipendenze dello shogunato Tokugawa, noto come l'Oniwabanshu, che in precedenza era alle dipendenze dello shogunato Tokugawa; anche Misao è un'aspirante ninja. Okina avverte Kenshin che un suo luogotenente, Shinomori Aoshi (quello che ha battuto Sanosuke in precedenza), ha deciso di uccidere l'uomo più forte del Giappone: Kenshin.

Nel frattempo, Kaoru decide di seguire Kenshin a Kyoto, accompagnato da Yahiko e Sanosuke. Allo stesso tempo, Kenshin scopre con sgomento che la persona che ha creato il suo sakabato, Arai Shakku, è morta anni prima. Suo figlio, Seiku, inizialmente rifiuta la richiesta di Kenshin di avere un altro sakabato, ma quando il guerriero d'élite di Shishio, Sawagejō Chō, rapisce il suo bambino, Seiku chiede a Kenshin di sconfiggerlo. Seiku gli dà un gemello del precedente sakabato, che Kenshin usa per sconfiggere Chō. Interrogando Chō, il governo scopre che Shishio ha intenzione di radere al suolo Kyoto quella notte. La polizia governativa, insieme a Kenshin, al ninja Oniwabanshu e ai nuovi arrivati Kaoru, Yahiko e Sanosuke, combatte contro gli uomini di Shishio, mentre Okina, per evitare che Aoshi interferisca con Kenshin, sfida il suo ex allievo in un duello che si conclude con la sua sconfitta. Tuttavia, Kenshin capisce che l'obiettivo principale di Shishio è quello di dare fuoco non a Kyoto, ma a Tokyo.

Kenshin scopre la nave di Shishio in procinto di salpare verso la capitale dopo aver appreso che Sōjirō ha rapito Kaoru. Lì, ha una battaglia inconcludente con Shishio, che termina quando Kaoru viene gettata a bordo. Kenshin si getta in mare, ma non riesce a trovarla. Il film si conclude con un uomo misterioso che trova il corpo svenuto di Kenshin sulla spiaggia e lo porta via.