Gli organismi artificiali: un miracolo della biotecnologia. Le cose però sono andate male e ora c'è chi vuole rimediare.
Nel 2035, un progetto di ricerca biologica per la creazione di un Organismo Cellulare Artificiale e Intelligente (A.I.C.O.) è andato storto, provocando un incidente chiamato "Burst" che ha trasformato la Gola di Kurobe in un'area di quarantena infestata da una dilagante crescita di organismi sintetici chiamati Materia. Due anni dopo, la studentessa liceale Aiko Tachibana scopre di essere il duplicato di una ragazza intrappolata nella Materia la cui famiglia è scomparsa durante il Burst. Un enigmatico compagno di studi, Yuya Kanzaki, si offre di risolvere il mistero portandola con un gruppo di sommozzatori professionisti al Punto Primario che è stato il centro dell'esplosione.
La studentessa Aiko Tachibana è costretta su una sedia a rotelle dopo un incidente che ha ucciso anche il resto della sua famiglia. Dopo aver incontrato un nuovo studente trasferito, Yuya Kanzaki, la ragazza è misteriosamente in grado di camminare di nuovo. Kanzaki la porta a visitare la casa della sua famiglia per la prima volta dall'incidente, ma i due vengono inseguiti dagli agenti della C.A.A.C. (Agenzia di Controllo delle Creature Artificiali) e fuggono nella città vecchia. Aiko e Kanzaki vengono accolti da un gruppo di persone che rivelano che il suo corpo è un falso.