Batman Ninja streaming non più disponibile da aprile 2023

Mentre combatte contro Gorilla Grodd al manicomio di Arkham, Batman viene catturato dalla macchina di spostamento temporale Quake Engine di Grodd e inviato nel Giappone feudale. Lì viene inseguito dai samurai che lavorano per Joker. Durante la sua fuga, Batman incontra Catwoman, che gli rivela che tutti gli altri sono arrivati due anni prima (a causa del fatto che Batman si trovava nell'area più esterna colpita dal Quake Engine). Da lei apprende che tutti i principali criminali di Gotham City sono diventati signori feudali dopo aver ingannato i daimyō di Sengoku, combattendo tra loro fino a quando non rimane un solo stato. Per impedire ai cattivi di alterare la storia, Batman e Catwoman devono raggiungere il Quake Engine nel Castello di Arkham (ex manicomio).

Batman scopre che anche Alfred Pennyworth è nel passato e ha costruito una Batcaverna fuori Edo. Quando le truppe del Joker tendono un'imboscata al nascondiglio, Batman si dirige con la sua Batmobile verso il Castello di Arkham, che si trasforma in una gigantesca fortezza robotica. Proprio mentre Batman affronta il Joker, è costretto ad andarsene per salvare una madre e un bambino che si trovano sotto di lui e che vengono schiacciati dalla mano del robot. Trasforma la sua Batcicletta in una tuta corazzata per sconfiggere un sumo Bane e fermare la mano del robot, solo per scoprire che la madre è Harley Quinn travestita. Mentre Batman è circondato dagli scagnozzi del Joker, viene improvvisamente portato via dai ninja guidati da Eian del clan dei pipistrelli di Hida.

Batman viene a sapere che il Clan dei Pipistrelli ha aiutato Nightwing, Cappuccio Rosso, Robin e il Pettirosso al loro arrivo e che il clan ha seguito una profezia di un pipistrello ninja straniero che ripristina l'ordine nella terra. Robin dà a Batman un invito da parte di Grodd a recarsi a una vicina sorgente termale. Lì, Grodd spiega che intendeva mandare i cattivi lontano per poter prendere Gotham per sé, ma l'interferenza di Batman li ha mandati tutti nel Giappone feudale. Batman e Grodd accettano di lavorare insieme per tornare a Gotham. Batman, Grodd, Catwoman, la Bat-Famiglia e il Bat-Clan combattono contro Joker e le sue forze vicino al fiume.

Sconfiggono Joker e Harley, ma Grodd si rivolta contro Batman, rivelando la sua alleanza con Due Facce, prima che Joker e Harley scappino e facciano esplodere la loro stessa nave, abbattendo Batman con essa. Avendo catturato un convertitore di energia da Harley, Catwoman cerca di contrattare con Grodd per riportarla a Gotham; tuttavia, devono ottenere altri convertitori di energia dal Pinguino, Poison Ivy e Deathstroke per completare il Quake Engine. Due giorni dopo, Batman si riprende dalle ferite e incoraggia la Bat-Famiglia a imparare le vie del ninja per sconfiggere Grodd.

Cappuccio Rosso trova Joker e Harley, ma Batman scopre che hanno perso la memoria a causa dell'esplosione e vivono come contadini. Un mese dopo, i cattivi mobilitano i loro robot del castello per combattere al "Campo dell'Inferno". Batman guida la Bat-Famiglia e il Bat-Clan sul campo di battaglia. Dopo aver sconfitto gli altri cattivi, Grodd li mette sotto il suo controllo mentale, con l'intenzione di governare lui stesso il paese. Joker e Harley, tuttavia, si schiantano contro la sua festa dall'alto, reclamando il loro castello da Grodd. La Bat-Family salva Catwoman e Grodd prima che Joker unisca tutti i castelli nel super robot Lord Joker.

Un Grodd ferito dà il controllo del suo esercito di scimmie a Batman; Robin permette loro di fondersi in un'unica scimmia samurai gigante per combattere il robot di Joker. La scimmia samurai si combina poi con uno sciame di pipistrelli per formare il Batgod e sconfiggere Lord Joker, prima che la Bat-Family faccia irruzione nel castello per combattere i cattivi. Joker rivela a Batman che, da contadini, lui e Harley hanno piantato dei fiori speciali che, una volta sbocciati, fanno riaffiorare i loro ricordi. Mentre il castello cade, Batman e Joker ingaggiano un combattimento con la spada. Utilizzando le sue abilità di ninjutsu, Batman sconfigge Joker. Con Joker e i cattivi di Gotham sconfitti, il Clan dei Pipistrelli inizia a lavorare per riportare il Giappone feudale al suo stato originale e la Bat-Famiglia riporta i cattivi ai giorni nostri.

In una scena a metà dei titoli di coda, Catwoman vende armi e mobili dei robot del castello a un negozio di antiquariato, mentre Bruce si reca con una Batmobile trainata da cavalli a una festa organizzata dal sindaco.