L'eccentrico Rintaro cade in depressione per non essere riuscito a salvare Kurisu, ma un neuroscienziato gli offre l'opportunità di interagire con una sua sosia virtuale.
La serie è un'ultima iterazione delle esperienze di Rintaro Okabe nella linea del mondo beta dopo le iterazioni rappresentate nella visual novel Steins;Gate 0. Si svolge in un mondo alternativo rispetto all'originale Steins;Gate in cui Rintaro Okabe non riesce a salvare Kurisu Makise e non riceve alcuna guida dal suo io futuro né incoraggiamento da Mayuri Shiina. Dopo aver fallito nel tentativo di salvare Kurisu Makise per evitare una futura guerra per le macchine del tempo, Rintaro Okabe, traumatizzato dalle esperienze di manipolazione del passato con la sua abilità di Reading Steiner, accetta la sua vita nella linea beta del mondo in cui Kurisu rimane morta. Dopo alcuni mesi, Rintaro incontra Maho Hiyajo e Alexis Leskinen, due ex colleghi di Kurisu che stanno lavorando ad Amadeus, un sistema di intelligenza artificiale che utilizza i ricordi di Kurisu prima della sua morte. Rintaro accetta la richiesta di contribuire allo sviluppo di Amadeus diventando un tester e conversando con l'Amadeus Kurisu attraverso il suo telefono.