Nella soffocante Londra edoardiana, Wendy Darling ipnotizza ogni sera i suoi fratelli con racconti della buonanotte che narrano di duelli con la spada, di spadate e del temibile Capitan Uncino. Ma i bambini diventano gli eroi di una storia ancora più grande, quando una notte Peter Pan vola nella loro cameretta e li conduce sui tetti illuminati dalla luna, attraverso una galassia di stelle e nelle lussureggianti giungle dell'Isola che non c'è. Wendy e i suoi fratelli si uniscono a Peter e ai Bimbi Sperduti in una vita esilarante, libera dalle regole degli adulti, mentre affrontano l'inevitabile resa dei conti con Uncino e i suoi pirati assetati di sangue.
Dopo aver completato la sceneggiatura, Hogan e Goldenberg ricevettero l'approvazione del Great Ormond Street Hospital, che deteneva i diritti della storia di Barrie. Le riprese principali si sono svolte in Australia presso i Village Roadshow Studios sulla Gold Coast, nel Queensland, da settembre 2002 a maggio 2003.
Peter Pan è stato presentato in anteprima all'Empire di Leicester Square, Londra, il 9 dicembre 2003 ed è stato distribuito nelle sale da Universal Pictures, Columbia Pictures e Revolution Studios nel Regno Unito il 24 dicembre 2003 e negli Stati Uniti il 25 dicembre 2003. Il film ha ricevuto recensioni positive dalla critica ma ha incassato solo 122 milioni di dollari in tutto il mondo. Con un budget stimato di 130,6 milioni di dollari (esclusi i costi di marketing), il film è stato un fallimento al botteghino con una perdita di 70-95 milioni di dollari.
Nel 1904, nella cameretta della famiglia Darling, situata nel centro di Londra, Wendy Darling racconta ai suoi fratelli minori John e Michael le storie di Capitan Uncino e dei suoi pirati. All'insaputa dei bambini, Peter Pan ascolta le storie di Wendy dall'esterno della finestra della loro cameretta. Quando arriva la zia Millicent, giudica che Wendy stia raggiungendo la maturità e consiglia ai Darling di concentrarsi sulle prospettive future di Wendy. Una notte, Wendy vede Peter tornare nella nursery per guardarla dormire, ma viene scacciato dal cane infermiere della famiglia, Nana. A scuola, Wendy viene sorpresa dall'insegnante mentre disegna un disegno di Peter. Durante un tentativo di impedire al corriere di consegnare una lettera disciplinare, Wendy mette in imbarazzo il padre di fronte ai suoi superiori quando Nana la insegue nella banca. Il signor Darling incatena Nana all'esterno e dichiara che Wendy lascerà l'asilo.
Peter e Trilli visitano di nuovo l'asilo nido per cercare l'ombra di Peter, che Nana aveva morso durante la sua precedente visita. Si presentano a Wendy, che gli ricuce l'ombra. Peter invita Wendy e i suoi fratelli sull'Isola che non c'è in modo che lei possa raccontare le sue storie alla sua banda di Bimbi Sperduti. Usano la polvere di fata di Trilli e volano sull'Isola che non c'è. Nana si libera e avvisa i signori Darling, ma arrivano troppo tardi. Capitan Uncino e la sua ciurma di pirati vengono avvisati del ritorno di Peter sull'Isola che non c'è e sparano con un cannone contro Peter, Wendy, Michael e John. Trilli inganna i Bimbi Sperduti che sparano a Wendy dal cielo con una freccia e la scambiano per un uccello. Quando Peter arriva, la trovano viva, perché la freccia ha colpito la ghianda che lui le aveva regalato e che lei aveva trasformato in una collana. Peter bandisce Trilli e pone fine alla loro amicizia.
Wendy si risveglia e accetta la richiesta dei Bimbi Sperduti di essere la loro "madre", mentre Peter assume il ruolo di padre. Nel frattempo, John e Michael incontrano Giglio Tigrato, una principessa nativa americana, e tutti e tre vengono catturati da Uncino e dalla sua banda, che li porta al Castello Nero. Peter, Wendy e i Bimbi Sperduti li salvano, mentre Uncino è inseguito dal coccodrillo che lo segue da anni. Dopo una festa al campo dei nativi americani, Peter mostra a Wendy la casa delle fate e i due condividono una danza romantica. Uncino li spia e convince Trilli che Peter deciderà di lasciare l'Isola che non c'è per Wendy. Quando Wendy chiede a Peter di esprimere i suoi sentimenti, lui le chiede con rabbia di tornare a casa, rifiutandosi di credere che potrà mai provare amore senza dover crescere prima di volare via. Peter torna quindi alla cameretta dei Darling e cerca senza successo di chiudere la finestra aperta, deciso a far rimanere Wendy nell'Isola che non c'è.
Trilli conduce gli uomini di Hook alla "casa" improvvisata di Wendy e portano Wendy addormentata al Jolly Roger, dove Capitan Uncino cerca di convincere Wendy a diventare un pirata e la rimanda dai Bimbi Sperduti, senza sapere che è seguita. Alla fine Wendy decide di non diventare un pirata ma esorta i suoi fratelli a tornare a casa con lei, perché stanno iniziando a dimenticare i loro genitori. Alla fine i Bimbi Sperduti decidono di unirsi a loro, con grande disappunto di Peter. Quando Wendy saluta Peter, gli lascia una tazza di medicina da bere. Quando Wendy lascia il nascondiglio, cade in un'imboscata della banda di Uncino, che la cattura insieme al resto dei ragazzi. Capitan Uncino avvelena la medicina di Peter ma Trilli interviene e beve il veleno. Sconvolto, Peter proclama ripetutamente la sua fede nelle fate, che raggiunge gli abitanti di Londra e fa rivivere Trilli. Peter salva Wendy e libera i Bimbi Sperduti e i bambini combattono contro la ciurma di Uncino. Uncino usa con forza la polvere di fata di Trilli per concedergli la capacità di volare. Durante il loro duello, Uncino deride Peter dicendo che Wendy vuole abbandonarlo e che alla fine crescerà e sposerà un altro uomo. Indebolito, Peter cade sulla nave e rimane incapace di volare. Uncino permette a Wendy di salutare Peter prima di ucciderlo e lei lo bacia, restituendogli la felicità.
Dopo che Uncino viene inghiottito dal coccodrillo, Peter ricopre il Jolly Roger di polvere di fata e fa volare Wendy e i ragazzi a Londra, dove si riuniscono con i signori Darling, che decidono di adottare il resto dei Lost Boys. Slightly, che si è perso sulla strada per Londra e arriva a casa in ritardo, viene adottato da zia Millicent. Il signor Darling mostra ai ragazzi quanto sia dispiaciuto per la sua precedente azione. Peter promette a Wendy che non la dimenticherà mai e che un giorno tornerà a farle visita, prima di tornare all'Isola che non c'è con Trilli. Wendy, ormai adulta, racconta di non aver mai rivisto Peter, ma continua a raccontare la sua storia ai suoi figli e, a loro volta, ai loro nipoti.