Rurouni Kenshin: The Beginning streaming disponibile da luglio 2021

Durante il Bakumatsu di Kyoto e una carneficina di omicidi, Himura Kenshin, chiamato anche Hitokiri Battosai, è un assassino politico che fa parte della rivoluzione che sta per rovesciare lo shogunato Tokugawa e che alla fine porterà alla Restaurazione Meiji. Si unisce al clan Chōshū e presto lavora per il loro leader, Katsura Kogorō, come assassino al fianco di Iizuka, l'esaminatore delle esecuzioni.

Durante uno degli omicidi, un membro della guardia di Kyoto si rifiuta di morire, provocando a Himura un taglio sul viso. In contrasto con l'atteggiamento freddo con cui uccide la persona, mentre si allontana, Himura è chiaramente turbato. È Katsura a notare in seguito che Himura ha una cicatrice sul viso e, dalla sua risposta, che nonostante abbia ucciso 100 persone, Himura si sente ancora a disagio nell'uccidere le persone. Katsura ricorda il giorno in cui Himura è stato reclutato. Himura aveva dichiarato di non aver ucciso nessuno all'epoca, ma che avrebbe potuto uccidere a patto che la nuova era in cui credono potesse portare la pace mentale a tutti. Katsura si rende conto che Himura ha ancora un cuore puro ed è per questo che le uccisioni lo mettono ancora a disagio.

Una sera, mentre Himura è fuori a bere un drink da solo, interviene per intervenire con i presunti membri della rivoluzione che chiedono di essere trattati come eroi da una donna di nome Yukishiro Tomoe che era entrata a bere da sola. Dopo aver lasciato il locale, Himura viene attaccato da un assassino sconosciuto ma riesce a ucciderlo. In seguito, Himura trova una sconvolta Tomoe che lo osserva, intrisa del sangue dell'assassino che ha appena ucciso, e la riporta nel suo nascondiglio, una locanda per rivoluzionari Choshu. Il mattino seguente, Tomoe decide di rimanere a lavorare alla locanda, apparentemente grata che Himura l'abbia protetta e accudita, e non riesce a convincerla ad andarsene. Rimane sbalordito soprattutto quando lei mette in discussione e stravolge la sua filosofia su chi scegliere di uccidere.

Nonostante la loro natura silenziosa, Himura e Tomoe sembrano legare. Pur rimanendo sfuggente, Himura accetta e convive con lei che gli serve il cibo durante il giorno ricordandogli di finirlo, lo aiuta a lavarsi il sangue dalle mani quando torna dalle sue stragi e lo sorveglia durante il giorno per farlo dormire. Quando Katsura viene informato della strana relazione, fa visita a Tomoe e le chiede di non impedire a Himura di svolgere il suo ruolo nella rivoluzione, qualunque sia la sua intenzione.

Durante l'incidente di Ikedaya (1864), uno scontro armato tra gli shishi, che comprendono samurai senza padrone (rōnin) formalmente impiegati dai clan Chōshū e Tosa, e la Shinsengumi, Himura si precipita sul posto per proteggere il Choshu e salvare Katsura, che si pensa stia partecipando a una riunione, ma viene trattenuto dal capitano della Shinsengumi Okita Sōji. All'arrivo dei rinforzi da entrambe le parti, Katsura si dice al sicuro, Himura e il Choshu sono costretti a ritirarsi dall'area.

Quando gli Shinsengumi li rintracciano e arrivano al loro nascondiglio, Himura e Tomoe riescono a fuggire insieme agli altri rivoluzionari. Prima che anche Katsura si nasconda, fa in modo che Kenshin e Tomoe si nascondano nel villaggio di Otsu, fuori Kyoto, chiedendo a Tomoe di occuparsi di Himura e di fingere di essere marito e moglie in modo che Himura non venga sospettato. Dopo la partenza di Katsura, Tomoe dichiara di non avere un altro posto dove andare. Himura dubita della sua dichiarazione, ma le chiede comunque di venire a vivere con lui per davvero e non solo per finta. Tomoe accetta.

Durante il periodo trascorso nel villaggio, Himura impara a fare il contadino e inizia a capire il significato di pace e felicità che non aveva mai incontrato prima. Un giorno, mentre Himura è fuori casa, il fratello di Tomoe, Enishi, viene a incontrare la sorella, rivelando che entrambi i fratelli sono spie che lavorano per gli Yaminobu, che sono a favore dello shogunato e hanno pianificato di intrappolare e uccidere Battosai per tutto questo tempo. Tomoe si rifiuta di continuare a lavorare con loro e chiede a Enishi di tornare a casa a Edo, provocando la fuga di Enishi in preda alla rabbia. Quando Himura torna, viene a sapere da Tomoe che in passato si era fidanzata, ma che il suo fidanzato è stato assassinato prima del matrimonio. La donna crolla e si rimprovera di aver permesso al suo fidanzato di lasciare Edo, che si era unito alla Guardia di Kyoto per il suo bene, razionalizzando il fatto che se fosse rimasto a Edo non sarebbe stato ucciso. Himura la consola e le dice che ha fatto abbastanza e che non deve più portare il dolore. Mentre si legano come marito e moglie, Himura le promette che troverà un modo per smettere di uccidere nella nuova era e che proteggerà la sua felicità.

Il giorno dopo, Tomoe incontra il capo degli Yaminobu ma si rende conto troppo tardi di essere stata usata come pedina da loro per indebolire Himura. Nonostante sappia che Tomoe è una spia, Himura si reca dallo Yaminobu per salvarla. Come previsto dallo Yaminobu, Himura è visibilmente angosciato e distratto perché ha anche scoperto che la fidanzata di Tomoe è il membro della Guardia di Kyoto che aveva assassinato. Quando raggiunge il tempio abbandonato, a ogni tappa viene accolto da un membro dello Yaminobu. Nonostante il suo stato emotivo, è abbastanza abile da combattere e difendersi istintivamente. Himura riesce a sconfiggere i suoi nemici ma ogni volta viene indebolito dalle esplosioni che concludono ogni combattimento. La prima esplosione gli toglie l'udito a causa del forte rumore che produce. La seconda esplosione gli toglie la vista a causa della polvere gialla che sprigiona nell'ambiente circostante. Quando raggiunge il leader Tatsumi, Himura ha raggiunto il suo limite e non può temporaneamente né vedere né sentire. Mentre Tatsumi sta per sconfiggere Himura, Tomoe interviene trattenendo Tatsumi. Ignorando che Tomoe era proprio di fronte a lui, Himura sferra un colpo mortale, uccidendo Tatsumi e ferendo mortalmente Tomoe. Nel suo ultimo respiro, Tomoe incide con il suo pugnale un'altra cicatrice sulla guancia di Himura, completando così la cicatrice a forma di croce che la sua fidanzata aveva iniziato, scusandosi con lui per il dolore causato.

Poco dopo, Katsura fa visita a Himura nella casa del villaggio per informarlo che hanno scoperto che anche Izuka è una spia e che qualcuno abile come Himura gli darà la caccia. Questa persona continuerà a essere utilizzata come assassino dal Choshu per sostituire Himura. Tuttavia, ha ancora bisogno che Himura si unisca a loro sul campo di battaglia. Himura accetta di continuare a combattere, perché tutte le uccisioni che ha fatto sarebbero andate sprecate se non avessero portato la nuova era. Tuttavia, dichiara che una volta arrivata la nuova era, non ucciderà mai più. Dopo che Kastura se ne va, Himura si reca da Tomoe che giace vegliata nella loro casa. Himura finisce di leggere il diario di Tomoe che spiega come lei sia passata dalla ricerca di vendetta per il suo fidanzato all'innamoramento per l'assassino del suo fidanzato e infine alla decisione di fare tutto il possibile per preservarlo. Dopo aver consumato un ultimo pasto, dà fuoco alla sua casa, cremando il corpo di Tomoe al suo interno.

Il film si conclude con la Battaglia di Toba-Fushimi (1868) in cui i Choshu vincono sui loro rivali. Con la fine del Bakumatsu, nonostante sia stato sfidato a un ultimo combattimento con la spada da Saito Hajime, Himura abbandona la sua spada mentre lascia il campo di battaglia. La narrazione ci dice che Battosai scompare per i successivi 10 anni in un viaggio sconosciuto, mentre il Giappone entra nell'era Meiji.